رسالت دانشکده فناوری­های نوین مانند سایر دانشکده­های درحال توسعه، بهره گرفتن از فرصت­های موجود برای ارتقای سیستم دانشگاه است. رسالت این دانشکده تربیت نیروی انسانی آگاه به مسائل علمی روز، توانمند و مسئولیت­پذیر است که تخصص خود را در ارتقای پیشگیری، تشخیص و درمان بیماری­ها به کار گیرند. همچنین این دانشکده بر این است تا با ارائه برنامه­های آموزشی و تحقیقاتی مناسب در زمینه­های علوم پزشکی نوین دانشجویان نوآور را قادر به همکاری با صنایع و شرکت­ها کند. فعالیت فناورانه در سوی ارتقای بهداشت و درمان مملکت نیز از اهم مأموریتهای دانشکده محسوب گردیده است.